Класифікація за фенотипом
Tenconi і Hall розрізняють класичний, мікрофтальміческій, двосторонній асиметричний, комплексний з деформацією кінцівок, лобово-носовий тип і тип Голденхара. Нещодавно був доданий тип «немовляти матері, яка страждає на цукровий діабет». Із 67 осіб, включених у дослідження Tenconi і Hall, 14,9% мали якийсь тип пороку серця, у 5,9% були вади розвитку нирок, у 17,6% була мікроцефалія, і 13,3% страждали затримкою розвитку. Дослідники не проводили оцінку аномалій шийного відділу хребта, проте наші дослідження та дослідження інших вчених показують, що майже у 50% пацієнтів є який-небудь тип аномалії розвитку шийного відділу хребта.
Класифікація OMENS являє собою спробу включення всіх структур, вражало при ГФМ: О (orbit) = очна ямка, М (mandible) = нижня щелепа, Е (ear) = вухо, N (facial nerve) = лицевий нерв і S (skeletal) = скелет . Ступінь важкості ураження кожного об'єкта виражається цифрою від 1 до 3. Інші дослідники запропонували, щоб додатки, такі як наявність змін нечерепно-лицьових структур, забезпечувалися зірочкою (OMENS).
Класифікаційна система SAT заснована тільки на трьох основних ознаках: S (skeletal) = скелет, A (auricle) = вушна раковина і Т (soft tissue) = м'які тканини. У цій системі виділяють п'ять ступенів деформацій скелета (від S1 до S5), чотири ступені деформацій вушної раковини (від АТ до A3) і три ступені деформацій м'яких тканин (від Т1 до ТЗ). Наприклад, пацієнт з деформаціями мінімальному ступені відноситься до типу S1A0T1, тоді як з важкої деформацією - до типу S5A3T3. Ця класифікація не має явних переваг перед OMENS, а її недоліком є відсутність деяких з найбільш важливих елементів.